核电工程事业部由事业部本部、核电项目部、为开展核电相关前期准备工程而成立的项目经理部、核电工程筹备组及其它一些临时性机构组成。事业部采用矩阵式组织结构形式管理核电工程项目，实施人员、技术、信息、供方资源、知识和经验的共享。在公司总部的指导和支持下，代表华兴建设有限公司从事核电站建设领域的“市场开发、项目管理、资源配置、人才培养、知识管理”活动。核电项目部是核电施工项目的成本中心，核电事业部是核电施工项目的利润中心。

    核电工程事业部承建的广东岭澳核电站和秦山三期(重水堆)核电站均获得了中国建筑业工程质量最高荣誉奖——“鲁班奖”。

   核电事业部本部设11个职能部门，分别为：项目支持中心、工程技术中心、客户中心、物流中心、信息技术中心、HR中心，以及质量安全部、综合监察部、财务部、党政办公室和核电维修分公司。

    核电项目部有：巴基斯坦恰希玛二期项目部、岭澳二期项目部、红沿河项目部、宁德项目部、阳江项目部、田湾项目部、台山核电项目部、防城港核电项目部。